法院因新證據之提出，而認為有專利撤銷事由存在，應如何裁判？

  甲公司於95年間申請A專利經智慧局核准，乙公司於98年1間以A專利有違專利法第22條第4 項(進步性)之規定，對之提起舉發，智慧局審查後作出「舉發不成立」之處分。乙公司不服，提起訴願，遭經濟部為訴願駁回之決定，後乙公司乃向智慧財產法院提起行政訴訟，並在訴訟過程中提出新證據。智慧財產法審查後認為依據乙公司於訟程序中提出之新證據資料，A專利有得撤銷事由存在，試問，智財法應如何判決為妥？(一)訴願決定及原處分均撤銷，並命智慧財產局作成A專利舉發成立之處分;或(二)訴願決定及原處分均撤銷，並命智慧財產局依該判決之法律見解另為處分。
  一般而言，行政訴訟之提起多為撤銷訴訟之類型，也就是要求法院撤銷原處分，將案件發交回原處分機關再另為決定，然而，撤銷訴訟有可能會導致同一爭議事件在行政機關與法院間循環訴訟的問題，為解決此一問題，我國行政訴訟制度於民國自89年7月起增設有課予義務訴訟之類型，也就是，法院除撤銷原處分外，更在判決內直接命原處分機關做成特定之決定。 在專利舉發行政訴訟實務中，近年來已見到不少判決採用課以義務之訴，以快速解決紛爭，避免原告與參加人間循環訴訟。然而，智慧財產案件審理法施行後，由於審理法第33條1項規定：「關於撤銷、廢止商標註冊或撤銷專利權之行政訴訟中，當事人於言詞辯論終結前，就同一撤銷或廢止理由提出之新證據，智慧財產法院仍應審酌之。」，容許舉發人在行政訴訟階段提出新證據資料，故法院在專利舉發事件中是否適合直接作成課以義務判決(命智慧財產局作成專利舉發成立之處分)，便會發生疑義，蓋，新證據資料是在訴訟中才提出，專利權人在智慧局舉發審查階段，並沒有機會去斟酌是否為申請專利範圍之更正，如果法院直接判決智慧財產局應作成專利舉發成立之處分，則專利權人便喪失了藉由更正來克服不具進步性等瑕疵的程序機會。

  對此一問題，近來智慧財產法院也有所注意，故當法院是因為新證據資料的提出而認為專利有得撤銷是由存在時，法院多會調整其判決內容，不再直接命智慧財產局作成專利舉發成立之處分，例如，在智財法院100年度行專訴字第85號判決中，法院便揭示：「綜上所述，證據二、三、四之組合及證據二、三、四、五之組合均不足以證明系爭專利更正後之申請專利範圍第1 項不具進步性、證據二、六之組合不足以證明系爭專利更正後之申請專利範圍第1 、2 項不具進步性，惟證據二、七之組合可證明系爭專利更正後之申請專利範圍第1 、2 項不具進步性，而有違專利法第22條第4 項規定，被告原處分未及就該新證據組合審酌而為舉發不成立之處分於法即有未合，訴願決定予以維持，亦非妥適。是以原告請求撤銷訴願決定及原處分，為有理由，應予准許。然因證據七係原告於本件訴訟中始提出之補充證據之新證據，參加人無法及時於被告舉發審查階段斟酌是否為申請專利範圍之更正，為兼顧參加人提出更正申請專利範圍之程序利益，本件有待發回由被告依本院上述法律見解再為審查處分，是以原告訴請被告應作成舉發成立，撤銷系爭專利權之審定部分，並未達全部有理由之程度，依行政訴訟法第200 條第4 款意旨，原告請求命被告遵照本院判決之法律見解對原告作成決定之部分為有理由，逾此部分不應准許，應予駁回。」，採取了較折衷之方式，兼顧專利權人的程序利益，讓專利權人還有透過更正克服新證據的機會。