由於各界對於智慧財產法院期待甚深，有關該院審理智慧財產相關案件的品質與審理速度，自97年7月1日運作以來即備受各界關切，其中又以專利民事訴訟最受矚目。本文謹將在智慧財產法院辦理專利民事訴訟的經驗與心得與大家分享，讓各界瞭解智慧財產法院的實務運作情形，作為權利人或被控侵權人在提起專利訴訟或面臨專利訴訟時的參考。
智慧財產法院成立的主要目的之一即在「加速解決訴訟紛爭」，目前觀察，智慧財產法院的確未辜負各界期待，目前智慧財產法院審理專利民事訴訟，不論是第一審或第二審，幾乎都在半年以內就會結案，法官就庭期的安排，大多以二個星期為間隔，鮮少超過一個月，整個專利民事訴訟的審理節奏相當緊湊。
由於大部分的專利民事訴訟也會涉及專利有效性的爭執，且因新法規定民事法院應就專利有效性的問題自為判斷，等於是結合了過去的民事訴訟程序與專利舉發程序，因此，目前專利民事訴訟所牽涉的爭點與證據資料與以往相較，更趨複雜且繁多，要在短時間內進行充分攻防與審理，已是一大挑戰。
再加上法院不僅嚴格踐行爭點整理程序並要求雙方應適時提出書狀，對於遲延提出攻擊或防禦方法將產生失權效果的貫徹可謂相當堅持，若當事人未於法院所訂期限提出攻擊防禦方法或相關證據資料時，日後將可能遭駁回，目前的確有當事人因逾時提出，法院即以意圖延滯訴訟為由駁回的案例，足以為戒。
再者，新法明文規定法官得適度公開心證，但因該條規定並非強制規定，在訴訟實務上的運作常因法官而異，由於公開心證有利於雙方當事人進行攻擊防禦，不僅對於訴訟迅速進行有幫助，且可避免當事人有被突襲的風險，對於當事人的權益保障更為完善，目前已有法官於民事訴訟進行中，即就專利有效與否公開心證之案例，值得肯定。雖然該民事法院認定專利的有效性僅具有相對效力，專利權人僅不得在該訴訟中對被控侵權人主張權利，而不影響行政舉發程序對於該專利最終效力的認定。然由於技術審查官的背景多為智慧財產局的資深審查官，其專業性備受肯定，且舉發程序後的行政救濟程序仍會繫屬智慧財產法院，若民事程序先於行政程序對專利有效性為認定，雖然該認定結果法律上對行政程序並無拘束力，但其影響力不容小覷。
目前專利民事訴訟所牽涉的爭點與證據資料已更趨複雜且繁多，面臨智慧財產法院審理快速，雙方當事人如何配合法院所訂進度作最完備的攻防，尤以若訴訟當事人之一方或兩方為外國公司時，如何能迅速將他造所提出之攻防資料及本造的因應策略與證據與當事人充分溝通，以提出最有利的主張或抗辯，已成為訴訟勝敗的重要因素之一。
故專利權人在提起訴訟前就應有全盤戰略，除應先齊備所有的主張與證據外，還須預想對造可能提出之防禦方法，一併將可能的反駁證據與資料先準備好，以即時提出維護權利；就被控侵權人而言，在知悉被訴後，於最短的時間內備妥相關防禦（程序及實體答辯）或攻擊（專利有效性之爭執）資料，避免因逾時提出而錯失爭執機會。（上） 本文同時刊登於【2009-05-04/經濟日報/D3版/稅務法務】林怡芳/寰瀛法律事務所律師