台灣有為數眾多的中小企業，透過多年經驗的累積，皆有其獨門的技術或是製程。如以長遠來看，為了持續的保有國際上競爭利益，可以選擇申請專利或是以營業秘密的方式為之。問題是兩者的差異何在？兩者有無競合之處？
一、法律效果
先從法律效果來說，營業秘密侵害的救濟包含刑事與民事，而專利侵害的救濟則是僅有民事。乍看之下，在競爭力保護的佈局上，選擇以「營業秘密」作為保護手段會較為有效，主因違反者可能被處以刑事責任，相較於專利保護而言嚇阻力較高。
二、司法實務對於營業秘密認定較嚴格
前開的說法，從實務判決的結果來看不盡然正確，主因依據營業秘密法第十三條之一違反的行為態樣規定來看，不論是竊取、侵占、詐術、脅迫、未經授權、擅自重製或是不為刪除、銷毀及隱匿等行為，營業秘密都是以懲罰行為人的「故意」為必要，不包含「過失」的行為，而刑度又顯然重於刑法妨害秘密罪章的規定，使得司法實務在適用該條時較為謹慎，真正成罪的例子並不多見。
再者，主張營業秘密保護的業主，若未採取相關保密措施有效防堵秘密流失，恐怕也會被認定不符合營業秘密法第二條關於營業秘密的定義性規定（營業秘密三要件為：非一般人得知、具備經濟上價值及採取合理之保密措施）。
三、首重「經濟利益」的思考
事實上，中小企業主在思考對於獨門技術或是製程究竟應該採取保護措施時，應該是要先跳脫出法律攻防的思維，真正的關鍵點在於「經濟利益」。
以專利保護來說，最長的保護時間為二十年，至於營業秘密除非喪失了秘密性，否則是沒有保護時間的限制。從這點來看，若是所處的產業類別具有「週期性」，或是競爭的利基點來自於不斷的研發，那麼申請專利會是較好的選擇，主因專利保護雖然必須揭露技術的竅門，讓競爭廠商知悉並且將來可以據以實施，但國家給予專利權人相應的補償則是在專利保護的時間內獨佔市場利益。
總之，在考量到技術或製程具有週期性的特性後，於其他同類型廠商研發出超前的技術前，選擇在具備利基點的時限內獨佔市場，反而是能使經濟利益規模極大化的合理選擇。
相對的，若是產業類別的技術偏向「配方（常見的如食品、飲料或是原料）」或是某種良率提升的流程與與產量倍增的竅門時，本質上不具備「週期性」的特性，亦即不管經過十年或是二十年，業主在同類的競爭廠商中仍舊可以具備相當的優勢性，此時就可以考慮以營業秘密保護。
當然，營業秘密保護的一個風險是有可能在一定時間過後，他人透過「逆向工程」的技術研發，破解競爭利基點，此時因為行為屬於合法，大抵上也無法以法律禁止他人的模仿行為。
四、專利及營業秘密保護的併行？
另一個有趣的問題點是，有無可能一個產品或是技術同時以專利與營業秘密共同保護呢？
確實有可能，主因專利著眼的是將「技術公開」，而營業秘密保護的重點在於「關鍵技術」，因此一個產品的製作方式或是問題解決可以採用專利的方式予以公開，並且取得市場獨占性，同一時間，該產品的良率則是用營業秘密加以保護。
因此縱然專利保護經過了二十年後，同業的人可以依據專利說明書而產出相同的產品，但在良率的提升上還是無法與之競爭，使得業主仍舊保有一定的競爭利基點。
於此仍舊要注意的一點是，有時業主為了保留某部分的營業秘密，而刻意在專利的申請上有所保留，卻導致單從專利申請書難以產出實用的結果，因而被以欠缺產業可利用性而撤銷專利，恐得不償失。
五、善用法律保護，保有競爭力
總結來說，專利保護與營業秘密保護之間的拿捏並不容易，切莫輕忽。若台灣的中小企業能夠思考企業的利基點，同時善用法律給予的保護，便能更長時間的保有自身競爭力。
- 王偉霖，我國營業秘密法刑事規範的再思考，法令⽉刊，第68卷5期，2017年5⽉，⾴64-90。
- 謝銘洋等6⼈合著，智慧財產權⼊⾨，元照出版，2012年9⽉，⾴95以下。
- 杜東佑，台積電法務⾧告訴你什麼是「⾼品質」的專利組合，出處網址：http://www.naipo.com/Portals/1/web_tw/Knowledge_Center/Industry_Economy/publish-70.htm（最後瀏覽⽇期：2017年7...）