「加值型及非加值型營業稅法（以下稱「營業稅法」）」第7條第1款與第4款規定，外銷或銷往保稅區廠商之貨物、勞務，其營業稅適用零稅率，因為外銷及視同外銷不負擔營業稅。
財政部曾針對免稅區廠商的銷售行為是否應課徵營業稅、或適用營業稅法第7條零稅率之規定，發布多則解釋試圖釐清，然從近來喧騰一時的惠普案觀之，財稅主管機關似乎有意全面檢視相關解釋函令是否未於個案中顧及前揭立法意旨。
惠普案的主要爭議是因為財政部93年3月11日台財稅字第0930450281號函稱：「主旨：關於國內或國外貿易商向保稅區廠商採購貨物，指定保稅區廠商將該貨物運往ＸＸ國際物流中心暫儲存，嗣後該貨物以貿易商名義轉運出口或轉售與其他保稅區廠商，該如何開立統一發票乙案。……說明二：本案保稅區廠商（免稅出口區內之外銷事業、科學工業園區內之園區事業、海關管理之保稅工廠或保稅倉庫）之實際交易對象既為國內或國外貿易商，則保稅區廠商應開立應稅統一發票交付國內或國外貿易商。嗣後該貨物以貿易商名義轉運出口或轉售與其他保稅區廠商，如符合加值型及非加值型營業稅法第7條規定者，其營業稅可適用零稅率。」因此，國外廠商向國內保稅區廠商下單，並依指示將貨物暫存於物流中心，保稅區廠商仍須開立發票予國外廠商。
新加坡惠普向宏達電下單，由宏達電將貨物暫存於物流中心，依前開函釋及財政部77年7月30日台財稅字第7556549號函，因貨物並無出口，宏達電應開立二聯式應稅統一發票，並由物流中心代新加坡惠普以B2出口報單申報進儲物流中心。若由台灣惠普自物流中心取貨，應由台灣惠普申報進口，此時應再繳納進口貨物的營業稅。不過，由於新加坡惠普無在台分支機構，進項稅額無從扣抵，導致新加坡惠普與台灣惠普均被課徵營業稅，而新加坡惠普所累積的進項稅額又無從轉嫁給最終消費者，形成外商所指重複課稅的現象。
惠普案所涉及的物流中心，並非營業稅法第7條第4款所規範之保稅區（準境外區域），因此保稅區廠商將貨物暫存於物流中心，財政部函釋認為無從適用零稅率規定。但若從營業稅法的立法精神來看，物流中心係代國外廠商受領貨物，應可憑保稅區廠商取得的外匯，參照財政部91年2月15日0910451090號函認定屬於經濟意義上的「出口」，適用零稅率規定，如此解釋才能避免雙重課稅的疑義。
至於保稅區廠商銷售勞務與保稅區廠商，雖不符合營業稅法第7條第4款銷售貨物零稅率的規定，但由於台灣半導體、光電產業均採垂直分工的代工實態，上下游各廠商若同屬保稅區廠商，其間均有勞務的加工，也均是完成外銷行為所必要，在經濟意義上應屬外銷行為的一環，從營業稅法第7條第4款「視同外銷」的立法目的而論，不應在過程中課徵營業稅。
因此，財政部78年10月21日台財稅第780353546號函及83年2月2日台財稅第831582197號函，分別針對科學園區廠商及免稅加工出口區廠商銷售勞務與免稅區廠商，解釋可適用零稅率之規定，惟對同屬保稅區之海關管理保稅工廠或保稅倉庫銷售勞務與免稅區廠商是否適用零稅率乙節，並未有明確的解釋。
財政部應通盤檢討有關營業稅零稅率規定之解釋函令，以避免營業稅成為廠商不必要的負擔。 本文轉載至【2006-11-03/經濟日報/A13版/稅務法務】 高文宏，資誠會計師事務所會計師，本文由普華商務法律事務所張世昌律師協助完成