促進產業升級條例是目前產業界租稅優惠最主要規範，依照該條例第6條規定，公司研究發展及人才培訓投資，得於支出金額35%內，自當年度起五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。其中就得適用投資抵減適用範圍等相關事項，該條例並授權行政院訂定「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法（以下簡稱「投資抵減辦法」）」，財政部就支出內容及其認列原則等，另訂有審查要點。惟實務上，就是否符合抵減要件認定，業界、稅捐稽徵機關、行政法院間見解迭有歧異，茲就研究發展定義相關爭議，列舉如下：
一、 是否必須是「創新高度」始得適用研發抵減
依最高行政法院94年判字第1514號判決見解，所謂研發活動，須具備高度「前瞻性」、「風險性」與「開創性」，對國家經濟發展及促進產業升級有直接助益，屬促進產業升級條例獎勵範圍；該案上訴人所從事生產領域，實質上僅是在前人既有技術水準基礎上進行修正，僅屬「一般性產品品質測試、更改及試作」及「僅對現有產品之規格及型號加以改良、測試、試作及更正」之日常活動，只能增加上訴人自己在市場上競爭力，不足以認列為研究發展支出抵減稅額。另實務上稅捐稽徵機關與行政法院，均曾認定納稅義務人業務活動僅係「例行性開發市場動作」或「量產前準備」，均非屬研發活動，亦屬類似見解。
二、 研發人員認定疑義
稅捐稽徵機關曾以業者所聘用專業人員學歷，僅為高工或國小畢業，即逕為推定該等人員非屬專業研究人員。又業者所列舉從事研究發展工作人員，只要有從事公司行政工作情事，或依業者所提示書面文件，對該等工作人員職務以「支援」、「協助」用語描述者，即認非屬研發工作全職人員。以上認定，往往使業者不服原核定，而提起行政訴訟。
綜上所舉，現行實務研發費用認定爭議，對於研究發展似應修改相關法令，使定義更明確。依照投資抵減辦法第2條研發支出定義，諸如「改善儀器之性能」、「提高原有機器設備效能」等，依文義解釋似未排除前揭案例中偏屬基礎性研發活動。又即使依目的性解釋，確須對產業升級有直接助益，始宜歸入獎勵範圍，公司本身競爭力增加，對於產業升級究係構成直接或間接助益，似難一語論定。
倘立法者與主管機關均認研發須具備相當創新高度，始應予以租稅獎勵，依法律明確性原則，亦應明文規定研發具備前瞻性、開創性為獎勵要件，並授權主管機關於相關抵減辦法中明定該等要件認定標準及所須檢附證明文件，以減少目前業者對認定結果不服，須尋求行政救濟情形。
關於專門從事研究發展工作全職人員認定，以前述案例言，就相關研發人員確有實際從事研發工作查證認定，稅捐核課實務上似須依據更具體核駁理由，始符公允。
促進產業升級條例雖係以租稅優惠為政策工具具體規範，屬於我國租稅體系一環，稅捐稽徵機關為核課機關，於法令適用產生相關疑義時，有權解釋機關主要固為財政部，惟本條例適用須兼顧產業運作實況及需求掌握與理解，據此於稽徵實務上，如何稅捐稽徵機關與產業主管機關見解相互協調，以建置更為積極有效交流機制，似有探討空間。此外，於法制上是否有必要明定稅捐稽徵機關於進行研發費用投資抵減認定時，就業者研發是否具備相當創新高度或是否對產業升級有直接助益，應先徵詢產業主管機關見解始為認定，亦不無討論餘地。 本文轉載至【2006-08-25/經濟日報/A13版/稅務法務】普華商務法律事務所蔡朝安律師