甲企業總公司登記設立於台北市,因業務遍及全省,故各於台中、高雄設有分公司二間,並於其他縣市各設有營業辦事處若干個,今總公司與分公司會計人員欲辦理員工薪資所得扣繳、申報事宜,不知應由總公司綜合辦理扣繳或是應由分公司分別辦理,且應以何人作為扣繳義務人等等問題,有所疑義,特地前來詢問律師。
由於總公司、分公司與營業辦事處的組織性質差異,因此於扣繳員工薪資所得時,如分公司有主辦會計人員者,分公司係屬一獨立的會計主體,應由分公司向當地稽徵機關報繳、扣繳員工薪資所得稅。如分公司無主辦會計人員,或營業辦事處人員的薪資,應綜合由總公司辦理扣繳。
營利事業以公司組織型態登記設立者,依法具有法人格,得作為權利義務的主體;分公司屬公司的對外分支機關,具有組織上的獨立性,但仍然不具有個別獨立的法人格;至於營業辦事處則不具有組織上的獨立性,性質上仍屬於總公司的手腳而已。
關於扣繳義務人身分,機關、團體、事業或執行業務者所給付之薪資者,應於給付時,依行政院核定扣繳率及扣繳辦法扣繳所得稅款。至於其扣繳義務人及納稅義務人的身份,其扣繳義務人為機關、團體之責應扣繳單位主管、事業負責人及執行業務者;納稅義務人為取得所得者。
其次關於總公司與分公司分設不同縣市,分公司給付各項所得扣繳稅款之報繳方式,如分公司有主辦會計人員,則分公司員工薪資應由分公司扣繳所得稅;如分公司無主辦會計人員而分公司員工之薪資由總公司集中計算給付者,雖得由總公司扣繳所得稅,但分公司員工薪資所得部分之報繳稅款,仍應由分公司向當地稽徵機關報繳。另總公司與分支機構分設不同縣市之事業,其給付所得之扣繳,統由總公司辦理者,扣繳稅款可以由總公司使用分支機構所在地的繳款書,分別填寫分支機構的名稱、扣繳統一編號、地址,向總公司所在地的銀行繳納;年度結束的時候,再以總、分支機構名義分別填報各類所得資料申報書、扣﹝免﹞繳憑單連同繳款書由總公司向所在地稽徵機關辦理申報扣﹝免﹞繳憑單。
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